Z końcem lat osiemdziesiątych Instytut wszedł w okres głębokich przemian społecznych i gospodarczych. Nowy system gospodarowania wymuszał na Instytucie podejmowanie nowych wyzwań, których realizacja wymaga poszukiwania pozabudżetowych środków finansowych.

Dyrekcja Instytutu pod kierunkiem prof. dr Łepkowskiego przystąpiła do wypracowania nowego systemu organizacyjnego, którego istotną część stanowiło powiązanie systemu zachęt z wynikami działalności. W bardzo krótkim czasie Instytut okrzepł organizacyjnie. Wypracowane, dodatkowe środki można było skierować na: modernizację wyposażenia laboratoriów i zakładów oraz podjęcie długo oczekiwanych remontów siedziby Instytutu. Uległ zmianie wizerunek zewnętrzny i wewnętrzny Instytutu Transportu Samochodowego. Podjęto nowe kierunki badawcze, a prowadzone prace znalazły uznanie zarówno w kraju, jak i poza jego granicami. Instytut zajmuje się szeroko zakrojonymi zagadnieniami związanymi z bezpieczeństwem ruchu drogowego i ochroną środowiska człowieka przed skutkami rozwoju motoryzacji, a także dotyczące procesów zarządzania i organizacji procesów transportowych, w tym wynikających z wymagań Unii Europejskiej. W szczególności obejmuje to następujące zagadnienia:

• zachowanie się podmiotów gospodarczych na rynku usług transportowych,
• prognozowanie rozwoju transportu,
• organizację i zarządzanie podmiotami transportowymi z zastosowaniem systemów informatycznych,
• logistykę w transporcie samochodowym,
• marketing usług transportowych,
• technologię procesów transportowych i spedycyjnych,
• systemy eksploatacji środków transportowych,
• projekty konstrukcyjne, wykonawstwo prototypów urządzeń obsługowo-naprawczych, diagnostycznych, przeładunkowych,
• atestację, certyfikację, kontrolę i cechowanie aparatury pomiarowej służącej do diagnozowania pojazdów i ich wyposażenia,
• prowadzenie działalności technicznej w transporcie samochodowym,
• badanie homologacyjne pojazdów, ich wyposażenia i części zamiennych zgodnie z przepisami krajowymi i międzynarodowymi oraz koordynację prac wykonywanych w tym zakresie przez inne placówki,
• inżynierię ruchu drogowego oraz środki techniczne i organizacyjne mające zastosowanie w tej dziedzinie,
• analizę przyczyn i skutków wypadków drogowych,
• wychowanie komunikacyjne społeczeństwa,
• badania zanieczyszczenia środowiska spalinami samochodowymi,
• problemy związane z: paliwami, olejami, smarami i innymi materiałami eksploatacyjnymi,
• psychologię transportu drogowego,
• doskonalenie kadr (kursy, seminaria, szkolenia) dla potrzeb transportu,
• problemy normalizacji w transporcie samochodowym,
• problemy certyfikacji w transporcie samochodowym.

W latach 1952-2006 Instytut wykonał tysiące prac naukowo-badawczych i usługowych.

Obecna postać regulaminu organizacyjnego przewiduje funkcjonowanie Instytutu w następującej strukturze:

• Centrum Badań Materiałowych,
• Centrum Ochrony Środowiska,
• Centrum Bezpieczeństwa Ruchu Drogowego,
• Centrum Zarządzania i Telematyki Transportu,
• Zakład Homologacji i Badań Pojazdów,
• Zakład Procesów Diagnostyczno-Obsługowych,
• Zakład Badań Ekonomicznych,
• Zakład Psychologii Transportu Drogowego,
• Zakład Certyfikacji, Normalizacji i Jakości,
• Zakład Kontroli Jakości.

Działy pomocnicze to:

• Sekcja Funduszy i Projektów Międzynarodowych,
• Sekcja Informatyczna,
• Sekcja Informacji Naukowej i Wydawnictw,
• Sekcja Kadr,
• Dział Finansowo-Księgowy,
• Dział Administracyjno-Techniczny.
  

Organami Instytutu są Dyrektor i Rada Naukowa. Dyrektora Instytutu powołuje i odwołuje Minister właściwy ds. transportu na okres 5 lat spośród kandydatów wyłonionych w drodze konkursu, po zasięgnięciu opinii Rady Naukowej. Zastępców dyrektora i głównego księgowego, sekretarza naukowego oraz kierowników komórek organizacyjnych prowadzących prace badawczo rozwojowe Instytutu powołuje i odwołuje dyrektor, po zasięgnięciu opinii Rady Naukowej. Rada Naukowa jest organem stanowiącym, inicjującym, opiniodawczym i doradczym Instytutu w zakresie jego działalności statutowej oraz w sprawach rozwoju kadry naukowej i badawczo-technicznej. Zadania Rady Naukowej oraz tryb jej powołania zawarte są w regulaminie Rady Naukowej ITS. Na jej czele stoi przewodniczący. Działalność naukową, szkoleniową i wydawniczą Instytut realizuje poprzez swoje komórki organizacyjne.

Pracownicy naukowo-badawczy i techniczni, aktywnie uczestniczą w krajowych i międzynarodowych organizacjach normalizacyjnych i gremiach doradczych. Międzynarodowa aktywność pracowników Instytutu znalazła swój wyraz w postaci przyznania wielu nagród i wyróżnień chociażby w zakresie bezpieczeństwa pojazdów samochodowych. Pracownicy Instytutu uczestniczą: w pracach Komisji Sejmowych i Senackich przygotowując stanowiska do omawianych ustaw, Komisjach Rządowych ds. Bezpieczeństwa Ruchu Drogowego, wnosząc szereg rozwiązań, które przyczyniają się do zwiększenia bezpieczeństwa ruchu drogowego, są rzeczoznawcami techniki motoryzacyjnej, współpracują z Polskim Towarzystwem Ekonomicznym i innymi Stowarzyszeniami.

Cała zasygnalizowana działalność Instytutu służy utrzymaniu unikalnej pozycji i roli, jaką odgrywa w zakresie rozwoju transportu samochodowego w Polsce.